Nos primeiros vinte anos, o CJC manteve um grupo de apoio à melhoria da gestão da tecnologia da Pesca no Litoral de Pernambuco e do Nordeste brasileiro. Em parceria com grupos de pesquisadores da Universidade Federal Rural de Pernambuco, o Grupo de Trabalho da Pesca do CJC capacitou as principais colônias de pescadores do Estado de Pernambuco e promoveu intercâmbio e troca de experiências com outros núcleos do Brasil e da América Latina. Voltado no início para capacitação e inovação tecnologia na pesca artesanal, o trabalho evoluiu para o conceito de segurança alimentar, dentro da concepção teórica do patrono do Centro, o cientista Josué de Castro.